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Pres）、コザ、ジェイ．アール．（Koza, J.R.）著、”遺伝的プログラミング −自然的選択によるコンピユータのプログラミングについて（Genetic Programm ing-On the Programming of Computors by Natural Selection）”で説明されて いる。この表現は研究される過程の解析的説明を表し、発展型発見過程の最後の 結果である。この過程を用いて、情報理論と発展の組み合わせは、見かけは混乱 したシステム内の下にある秩序を閉じ込める数学的表現を発見することに帰着す る。情報コンテントのためにフイーチャーを調べ、次いで実験型モデリングか、 数学的発見か、又は該データに戻るか何れかに乗り込む、全体の過程はデータに ドライブされるパラダイムに基づく”発見の科学（Science of Discovery）”へ の体系的取り組みを説明する。 混乱したシステムの数学的説明の発展は基本的に内挿的性質（interpolative nature）か外挿的性質（extrapolative nature）へと該実験型モデルを変換する 。かくして数学的表現は、該実験型モデルの開発で使用されるトレーニング集合 の範囲の外側でデータ定義域内に於いてさえ出力値を予測するため使用出来る。 又数学的説明はモデル化されつつある過程又はシステム内への基本的見通しと恐 らくは下にある原理の発見とを得るための励まし（stimulus）を提供する。 本方法の全体的流れを図解するブロック図である。 適合型ビニングの例を示す。 適合型ビニングの例を示す。 データバランシングの方法を示す。 １次元のフイーチャー部分空間を示す。 ２次元のフイーチャー部分空間を示す。 ３次元のフイーチャー部分空間を示す。 どの入力がフイーチャー部分空間に含まれるかを表す例示的２進ビット記号列を示す。 ”情報豊富な”入力フイーチャーの発展を図解するブロック線図である。 ”情報豊富な”入力フイーチャーの発展を図解するブロック線図である。 ２進記号列適応度の加重ルーレット選択ホイール（weighted roulette wheel）を示す。 交叉（crossover）操作線図を示す。 ローカルエントロピーパラメーターを計算する方法を図解するブロック線図である。 グローバルエントロピーパラメーターを計算する方法を図解するブロック線図である。 ローカル及びグローバル情報コンテントの計算を図解する。 ローカルエントロピーパラメーターとグローバルエントロピーパラメーターの例を示す。 最適モデルを決定する方法を図解するブロック線図である。 モデル発展の方法を図解するブロック線図である。 情報写像（information map）を発生させる方法を図解する。 遺伝子リストとそれの付随情報写像の例である。 エグゾースチブな次元のモデリング過程の方法を図解するブロック線図である。 出力状態確率ベクトル／出力状態値を計算する過程の方法を図解するブロック線図である。 モデル遺伝子用適応度関数を計算する方法を図解するブロック線図である。 １つのフレームワークを発展させるために分布状階層的モデリングの方法を図解するブロック線図である。 フレームワーク発展の方法を図解するブロック線図を含む。 フレームワーク発展の方法を図解するブロック線図を含む。 スーパーフレームワークを発展させるための分布状モデリングの方法を図解するブロック線図である。 スーパーフレームワーク発展用の考慮点のリストである。 クラスター発展の方法を図解するブロック線図である。 クラスター発展の方法を図解するブロック線図である。 データクラスターを発見する方法を図解するブロック線図である。 画像的表現用グローバルクラスタリング指数の計算方法を図解するブロック線図である。 均質ポリマー連鎖反応（POLYMER CHAIN REACTION ）｛ピーシーアール（PCR） ｝フラグメントの同定 本発明が均質ピーシーアールフラグメントの同定に適用された。本方法は最初 にデーエヌエイ溶解カーブ（DNA melting curve）の情報豊富な部分を同定し、 次いで該入力スペクトラムの情報豊富な部分集合を使用して最適モデルを発展さ せる。 背景 デーエヌエイフラグメント同定は伝統的にゲル電気泳動（gel electrophoresi s）により行われて来た。挿入染料（intercalated dyes）を使用する代替え方法 はあり得る時間と感度での利点を提案している。この方法は、加熱時２重螺旋デ ーエヌエイが変性する（捲きほごれる）と該染料蛍光量（dye fluorescence）が 減少することの観察に基づいている。温度に対する蛍光量をプロットする、最終 のいわゆる”溶解曲線（melt curve）”のデータ解析は該デーエヌエイフラグメ ントのユニークな同定のベースを提供する。しかしながら、該方法は、特定的デ ーエヌエイフラグメントの精確な同定を、他の非特定的フラグメントの存在及び 背景基盤（background matrix）からの蛍光ノイズの存在の両場合で、要求して いる。 スパイク（spiked）される食料サンプルの準備 この研究はピーシーアールを禁ずる知られる食料を評価した。該評価は、該禁 止食料の禁止効果を克服するために、該反応へのウシ血清アルブミン（bovine s erum alubumin）｛ビーエスエイ（BSA）｝の添加能力をテストした。加えて、溶 解曲線解析を使用したピーシーアール製品の均質性検出が臭化エチジウム染色（ ethidium bromide staining）を有する標準的ゲル電気泳動と比較された。 食料は地域の食料雑貨店で購入され、４℃で貯蔵された。３０の異なる食料が ビーエイエム（BAM）手順で事前強化（per-enriched）された。処方された強化 法（enrichment）に従い、サンプルはサルモネラニューポート（Salmonella new port）でスパイクされるか又はスパイクされずに残されたが、表ＩＩＩ参照。該 強化は次いでビーエイチアイ（BHI）｛デーアイエフシーオー（Difco）｝内で１ ：１０に薄められ、次いで３７℃で３時間培養された。 ポリビニルポリピロリドン（Polyvinylpolypyrrolidone）｛ピーブイピーピー（ PVPP）｝処理 グローバックサンプル（growback）の５００マイクロリットル（500 ul）のア リコート（aliquot）がピーブイピーピー｛クアリコン社（Qualicon, Inc.）｝ の５０ｍｇのタブレットを含むチューブに追加された。該チューブはボルテック ス（vortexed）されそして該ピーブイピーピーは１５分間澄むようにされた。最 終浮遊物は次いで溶解過程で使用される。 サルモネラサンプルの準備 ２ｍｌのスクリューカップチューブ（screw cup tube）で、強化すなわちピー ブイピーピー処理サンプルの５マイクロリットルがデーエヌエイ挿入染料エスワ イビーアールグリーン（DNA intercalating dye SYBR R Green）｛モレキュラー プローブ（Molecular Probes）｝の１：１０、０００希釈を含む溶解試薬｛５ｍ ｌビーエイエックス溶解バッフアー（5ml BAX R lysis buffer）と６２．５ｕｌ （マイクロリットル）ビーエイエックスプロテアーゼ（62.5 ul BAX R Protease ）｝の２００ｕｌ（マイクロリットル）に加えられた。該チューブは３７℃で２ ０分間次いで９５℃で１０分間培養された。９５℃の培養の後、４ｍｇ／ｍｌの ビーエスエイ（BSA）溶液の５０ｕｌ（マイクロリットル）が該溶菌液（lysate ）に追加された。これはピーブイピーピー処理済みと未処理のサンプルに行われ た。対照として、幾つかのサンプル未処理で残された。この未精製バクテリヤ溶 菌液の５０マイクロリットルが、パーキンエルマー７７００シークエンスデテク ター計器（Perkin Elmer 7700 Sequence Detector instrument）で使用されるピ ーシーアールチューブ内に含まれた１つのビーエイエックスサルモネラサンプル タブレット（BAX R Salmonella sample tablet）を水和するため使用された。該 チューブはキャップを付けられ、パーキンエルマー９６００サーマルサイクラー （Perkin Elmer 9600 thermal cycler）内で次のプロトコルに依り熱サイクルに かけられた。 ９４℃ ２．０分 １サイクル ９４℃ １５秒 ３５サイクル ７２℃ ３．０分 ７２℃ ７分 １サイクル ４℃ ”長期間（forever）” 増幅後分析（Post Amplification Analysis） 増幅後、下記条件で運転することによりパーキンエルマー７７００デーエヌエ イシークエンスデテクター（Perkin Elmer 7700 DNA Sequence Detector）上で 該溶解曲線が作られた。 プレートの種類： シングルリポーター（Single Reporter） 器械： ７７００シークエンスデテクションシステム（7700 S equence Detection System） 運転： 実時間 染料層： エフエイエム（FAM） サンプルの種類： 未知である サンプル容積： ５０ｕｌ（マイクロリットル） 運転条件： ７０℃ ２分１サイクル データ収集せず ６８℃ １０秒９８サイクル データ収集する 自動インクレメント ＋０．３℃／サイクル ２５℃ ”長期間” 該多成分データは該器械から移出され該分析に使用された。特定のデーエヌエ イフラグメントの製作は該アンプリフアイ（amplified）されたサンプルにビー エイエックスローデイングダイ（BAX R Loading Dye）の１５マイクロリットルを 添加することにより検証された。次いで１５マイクロリットルのアリコートが臭 化エチジウムを含む２％アガロースゲル（agarose gel）のウエル（well）内に 装填された。該ゲルは３０分間１８０ボルトで運転された。特定の生成物は次い でユーブイトランスイルミネーション（UV transillumination）を使用して可視 化された。 データ分析 生の蛍光量（raw fluorescence）データが処理用にマイクロソフトエクセル（ Microsoft Excel）に移入された。この段階からデータを可視化し該データから 予測をするため分岐的取り組みが使用された。 データ事前処理（Data Preprocessing） 蛍光ノイズを減らすために該データを事前処理することは成功するモデリング の尤度（likelihood）を増すことが実験的に決定された。該データ事前処理は次 の過程から成り、すなわち、 ａ．蛍光データ（fluorescence data）の正規化、 ｂ．０．１℃の解像度でキュービックスプライン関数（cubic spline functio n）を用いた該正規化蛍光の内挿補間、 ｃ．内挿補間された蛍光スペクトラムの対数を取る、 ｄ．２５点サビツスキーゴレイ平滑化関数（25 point Savitsky Golay smooth ing function）を用いた該蛍光の対数の平滑化、 である。, エウレカセブン スロット 種類. 最終温度スペクトラムはここで説明されるモデリング方法への入力の集合とし て使用される。該温度スペクトラムを使用した２つの異なるモデリング例を説明 する。 過程ａ．データの正規化と可視化 該蛍光データは、最初にスペクトラム内の最低測定蛍光レベルを決定し、この 値を、直流オフセットを除くために、該スペクトラム内の各点から引くことによ り正規化される。上記の過程ａ．の正規化されたデータは次いでサビツスキーゴ レイの平滑化アルゴリズム(Savitzky-Golay smoothing algorithm)で平滑化され る。温度に対する平滑化蛍光の負の導関数｛−ｄｌｏｇ（Ｆ）／ｄＴ｝が取られ 、−ｄｌｏｇ（Ｆ）／ｄＴ（ｙ軸）対温度（ｘ軸）としてプロットされる。 過程ｂ．該データからの予測 該正規化されたデータからスタートして、キュービックスプライン内挿関数（ cubic spline interpolating function）を使用して０．１Ｃ分解能で該データ は内挿補間される。次いで該内挿されたデータの対数が取られ、次いで２．５度 （すなわち０．１℃で２５の点）上でサビツスキーゴレイの平滑化アルゴリズム を用いて平滑化される。温度に対する該ログの蛍光の負の導関数が取られ｛−ｄ （ｌｏｇＦ）／ｄＴ｝、サルモネラ用データ範囲：８２．０℃−９３．０℃（１ ２データ点）を用いて１．０Ｃ間隔でパース（parsed）された。 方法比較用に、ここに説明された方法は２つの他の良く知られたモデリング方 法：ニューラルネットワーク及びロジスティック回帰（logistic regression） 、と比較され、結果は下表で報告される。 見出された最も有効なＤＮＡフラグメント同定法は２つのモデリングスキーム をシーケンシャルな仕方で背中合わせで使うことを含んでいる。同定の第１レベ ルはスメア（smear）を非スメア（non-smear）から分離することである。これに 、非スメアサンプル用に関心のある特定のデーエヌエイフラグメントを同定する ことが続く。実際は、この階層的方法は、起こり得る出力カテゴリーを表す正、 負そしてスメアを有する１つの３状態モデルを使用するより精確であった。 １．特定ピーシーアールフラグメントに対する非特定ピーシーアールフラグメン トのモデリング 該ピーシーアールアンプリフイケーション過程（PCR amplification process ）は、関心のあるデーエヌエイの特定の種類に対応するフラグメントのみならず 非特定ピーシーアールフラグメントも作る。第１例は本方法の該非特定と特定の ピーシーアールフラグメント間を区別する能力を展示する。１４９のロックされ たプロセス（すなわち、対照）特定的トレーニングスペクトルと、問題食料（ピ ーシーアール用で問題があると知られる実際の食料）の３０９のテストスペクト ルと、一緒に３０の非特定的又は”スメア”の蛍光スペクトルのグループが創ら れた。０．１℃の温度分解能を有して、１１１点を含む各サンプル用の温度スペ クトル（１１．１℃の範囲上の）が創られた。該ロックされたプロセスと問題食 料サンプルの両者が陽性と陰性の標本を含んだ。この例で、該陽性のサンプルは 特定のバクテリヤ（例えば、サルモネラ）でスパイクされ（すなわち汚染され） そして陰性のサンプルはスパイクされぬ（汚染されぬ）ようにされた。該スメア サンプルはロックされたプロセストレーニング集合（１２スメアサンプル）と問 題食料テスト集合（１８スメアサンプル）の両者にランダムに導入された。該陽 性及び陰性の両サンプル状態は合併され２進のゼロ”０”文字でラベル付けされ 、該スメアサンプル状態は２進の１”１”でラベル付けされた。

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